Auf niederer Gehirnebene bilden sich die sogenannten Reflexmuster aus, die unsere Muskelspannung (Muskeltonus) regeln und beherrschen. Vereinfacht dargestellt, hat Thomas Hanna drei Reflexmuster schematisiert. Er nennt diese Start-, Stop- und Trauma-Reflex. Sie stellen die Grundlage seiner Forschung dar.
Wiederkehrende Bewegungs- und Verhaltensmuster werden in unserem Gehirn als „sensomotorische Impulse" gespeichert. Dabei spielen Motorik (Bewegung) und Sensorik (Wahrnehmung) gleichermaßen eine große Rolle. Hanna verdeutlicht: „Keine Motorik ohne Sensorik und keine Sensorik ohne Motorik". Ist Bewegung aufgrund von z.B. Verletzungen (Traumata) schmerzhaft oder schmerzbedingt eingeschränkt möglich, kommt es zu Ausweichbewegungen (Kompensation).
Das Gehirn erhält nun diese neuen, schmerzbedingt veränderten „sensomotorischen Impulse" und speichert diese anstelle der ursprünglichen und gesunden Muster ab. Aus dem natürlichen Reflex wird der verkrampfte und unwillkürliche Traumareflex. Dieser unbewusste Schutzvorgang ist eine häufige Ursache für die Entstehung verschiedenster Erkrankungen und Folgeerkrankungen des Bewegungsapparates. Das Krankheitsbild nennt man "sensomotorische Amnesie".